Le puits funéraire part de l'angle Nord du mastaba de brique. Dans le corps du mastaba, il est chemisé en blocs de pierre irréguliers, et préservé sur une hauteur de 2,50m. Ensuite, il se poursuit dans la roche sous jacente ().
Il est large de 2,30m à la surface, et descend à 14,40m dans la roche. Il débouche directement à l'Ouest dans la chambre funéraire.
Ce puits reste à distance des deux fausses portes du mur Ouest de la chapelle décorée, une situation très inhabituelle.
Il est donc probable que Merefnebef a utilisé un puits déjà creusé mais non utilisé, datant d'une époque antérieure, ou même qu'il a usurpé la chambre funéraire.

La chambre sépulcrale est grossièrement taillée, de 5,42 x 3,15 x 2,70m, et ses murs conservent des traces d'enduit blanc. Au centre se trouve un sarcophage de calcaire blanc d'environ 2,95m de long. Grossièrement taillé, il est irrégulier dans sa forme générale et sur ses parois. Le couvercle est de la même facture. Il n'y a aucun décor ().
La pièce a été retrouvée violée, et il y a tout lieu de croire que ce vandalisme a eu lieu peu après les funérailles.

Lors de la découverte, la pièce était remplie de sable, de cailloux, de morceaux de calcaire et de brique crue. Des gros fragments, détachés de la voûte, couvraient l'ensemble. Les débris dépassaient la hauteur du sarcophage ().
Six poteries étaient encore présentes : 2 jarres, deux plats, un bol et un vase en forme de pain sTt.
Les jarres contenaient une terre grise noirâtre, comme cela a été constaté aussi dans d'autres tombes de l'Ancien Empire. Cette terre remplaçait en quantité et en poids la bière qui aurait dû s'y trouver (). Ainsi, le récipient restait plein pour l'éternité…
Dans le puits funéraire furent retrouvés des centaines de fragments d'un type particulier de jarres : les jarres à cendres, qui faisaient partie intégrante des offrandes funéraires. Ces jarres étaient probablement remplies des restes du dernier repas funéraire pris devant la tombe.

Les pillards ont tiré le corps hors de la cuve du sarcophage, et l'ont abandonné sur le couvercle après l'avoir fracassé. Rien n'indique son identité, mais il s'agit vraisemblablement de Merefnebef-père. Son corps ne porte aucune trace de momification, et a été retrouvé à l'état de squelette, mais avec des os encore en situation anatomique (sauf le crâne) ; ceci pourrait indiquer que le pillage a eu lieu alors que les tissus mous étaient encore présents ().
Il s'agit d'un homme, qui devait avoir dans les 45 ans à sa mort. La cause du décès n'a laissé aucune trace osseuse et reste donc un mystère.

La tombe du vizir Merefnebef se composant d'un mastaba en briques crues de surface, d'une chapelle en pierre creusée sous le mastaba, et d'une seconde chapelle ajoutée au mur Est du mastaba, a manifestement été construite en plusieurs étapes.
Merefnebef a dû commencer sa carrière sous le règne de Teti ; celle-ci a culminé sous le court règne d'Ouserkaré, et il semble être mort sous le règne de Pepy I.

a) - creusement d'une chapelle rectangulaire b) - cour basse 1a c) - cour rectangulaire haute d) - mastaba en briques crues au-dessus de la chapelle.
Il est probable que seul l'intérieur de la chapelle était décoré à la fin de cette phase. Ceci permet de classer Merefnebef parmi les courtisans de rang intermédiaire, expliquant la taille et la forme modeste du monument.

Elle semble débuter au moment de la nomination de Merefnebef comme vizir par – probablement - Ouserkaré. Alors, la façade fut gravée, avec de nombreuses répétitions du mot "vizir". Une monumentalisation de cette modeste sépulture fut alors envisagée, mais jamais menée à bien. L'arrêt des travaux a pu coïncider, soit avec la mort de Merefnebef, soit avec sa disgrâce politique après la mort d'Ouserkaré.

Très peu de temps après la mort de Merefnebef, et certainement encore sous le règne de Pepy I, un conflit a opposé les enfants du vizir. Il semble avoir été remporté par un fils puîné, Merefnebef / Fefi, qui a fait effacer les noms de ses frères.
Mais au conflit familial s'est surajouté un conflit politique. Le mot "roi" fut martelé dans les inscriptions mentionnant le défunt comme "honoré par" le monarque -un titre spécifique au père- ; "roi" est même remplacé en une occurrence par le mot "désert". Le souverain ainsi virtuellement anéanti est Ouserkaré.
Nul doute que cela n'ait été fait dans les débuts du règne de Pepy I, car ce souverain a fait vandaliser de la même manière d'autres tombes de nobles à Saqqarah.

Toutefois, Merefnebef / Fefi n'a pas uniquement détruit, il a aussi restauré ; au passage, il n'a cependant pas manqué d'ajouter quelques scènes de son cru, le montrant avec son épouse Hemi (mur Est, côté Sud). On peut donc parler d'usurpation partielle du monument du père par le fils.

Peu de temps après ces évènements, peut être encore sous Pepy I, ou sous son successeur Merenra, le mastaba de briques crues s'est écroulé dans la cour basse N°1, bloquant l'entrée de la chapelle pour des millénaires. Les membres de la famille, non seulement n'ont pas essayé de déblayer, mais ont renforcé la couverture, sans doute pour protéger la tombe.

Quelque temps après, en tout cas avant la fin de la VIème Dynastie, des membres de la famille, désireux de rendre un culte à cet ancêtre, mort depuis longtemps mais prestigieux, ont édifié une petite chapelle de culte contre le mur Est de ce qui restait du mastaba de surface.
Cette petite construction, plus symbolique qu'autre chose, comportait cependant une fausse porte monumentale de calcaire dur, surmontée d'un grand linteau. La porte fut découverte renversée dans le sable () ; on y retrouve six représentations du vizir, symétriquement réparties par rapport à l'axe central. étonnamment, le mot nswt (roi) a été effacé dans le titre "Honoré auprès du roi", comme il l'avait été dans la chapelle. Cela signifie que, des années après le décès de Merefnebef, sa famille était toujours divisée entre les "pro" et les "anti" !

En fonction des résultats des analyses céramologiques, on pense que le culte funéraire rendu à Merefnebef s'est prolongé dans la chapelle Ouest jusque sous le règne de Merenra, et dans la chapelle Est, jusqu'à la fin de la VI ème Dynastie.

Une réplique grandeur nature de la chapelle a été réalisée et est exposée à Varsovie.