La cité d'Akhetaton a été construite dans un immense cirque désertique, bordé sur une grande partie de sa circonférence par des falaises d'une centaine de mètres de haut, interrompues de place en place par des ouadis (lits de torrents). L'un d'entre eux mène, après 6 km dans le désert, à la nécropole de la famille royale amarnienne ().

Car Akhénaton l'a fait inscrire sur les premières stèles frontières qui matérialisent les limites d'Akhetaton, les membres de la famille royale seront enterrés à Amarna :
"Que l'on fasse une tombe pour moi dans la montagne de l'est (d'Akhetaton). Que mon enterrement s'y fasse, dans les millions de fêtes-sed que l'Aton, mon père, a décrété pour moi. Que l'enterrement de la Grande Épouse Royale Néfertiti s'y fasse, dans les millions de fêtes-sed que l'Aton, mon père, a décrété pour elle. Que l'enterrement de la fille du roi, Meritaton s'y fasse, dans ces millions d'années".
On connaît cinq tombes.

Tombe n°26:

(voir )

Elle se situe dans un petit ouadi qui court vers le nord, perpendiculairement au ouadi principal. C'est la seule tombe décorée de la nécropole royale. Elle a accueilli les dépouilles d'Akhénaton lui-même, de sa mère Ty et de trois de ses filles. Une suite de pièces inachevées était peut-être destinée à Néfertiti.

Tombe n°30

Proche de la tombe royale, cette petite tombe est une cache d'embaumeur (, ).

Trois autres tombes (n°27,28 and 29) se trouvent à environ 500m de la tombe du roi dans deux petits ouadis latéraux, du côté sud du ouadi principal :

Tombe n°27

Seul le premier couloir est achevé : ses dimensions, ainsi que celles de l'entrée sont identiques à celles de la tombe d'Akhénaton et, comme pour la tombe royale, il existe une rampe qui descend au milieu de l'escalier d'entrée.
Il est clair que cette sépulture était destinée à un roi, peut-être à Neferneferouaton, le successeur féminin d'Akhénaton.

Tombe n°28

Cette tombe est la seule de la nécropole royale à avoir été achevée (mais non décorée). Elle était probablement destinée à une princesse ou une épouse secondaire. La tombe est taillée dans une roche qui s'est avérée secondairement être de mauvaise qualité. En effet, quand les ouvriers ont débuté le travail, au niveau du plafond, ils ont utilisé une veine d'un bon calcaire dur. Mais en descendant, ils ont rapidement recontré une roche feuilletée, formée de couches minces et friables. De ce fait, ils ont été contraints d'utiliser d'importantes quantités de plâtre pour boucher les fissures, lisser les parois et donner pour quelques temps une impression de solidité. Avec le temps, la quasi totalité de ce plâtre est tombée.

Tombe n°29

Elle se situe à 7,5m au sud de la précédente. La tombe est impressionnante : elle descend à environ 40m sous le niveau du sol en suivant une ligne droite. Quatre passages délimitent autant de couloirs dont l'angle de descente est légèrement différent. Il n'y a pas de chambre funéraire. La tombe a peut-être servi de lieu de stockage pour les ouvriers travaillant sur le chantier de la tombe n°27, après la mort d'Akhénaton.
Pour Marc Gabolde, "Il est clair qu'un enterrement a eu lieu, soit dans la tombe 28, soit dans la tombe 29".

Les dépouilles des membres de la famille royale amarnienne ont probalement été transférées à Thèbes lorsque la cour a quitté Amarna. Leur devenir ultérieur reste inconnu car, il faut le dire clairement, aucune des identifications proposées n'est certaine, même pas celles qui semblent avoir été confortées par les études ADN, car ces dernières sont entachées de trop d'erreurs méthodologiques.